Salut,
$id=mt_rand();
tu envoies un mail avec l'id dedans :
echo '<a href="http://site.com/confirmation.php?id=',$id,'">confirmer</a>';
ensuite sur la page confirmation.php :
if(isset($_GET['id']) AND is_numeric($_GET['id']))
{
//tu passes un champ valide à 1
mysql_query('UPDATE ta_table SET valide=1 WHERE id_confirm='.$_GET['id']);
}