ça sent le resolveur de sudoku non ?

alors si c'est le cas tu es sensé savoir combien de variables tu dois récuperer donc !
il te suffit de garder la largeur ainsi que la hauteur et ensuite tu feras du for de for avec 2 var qui s incremente (et un explode ...(voir juste apres pq ^^):
pour ton probleme d input je te conseile de mettre un caractere separateur ca suffira.qqch du genre
$i.'~'.$j
apres pour ton tableau ... bin ...
$aVal[$i]=array(...)
je suis pas sur de moi et je sais pas trop ce que tu veux exactement...
ensuite pour transformer des string en integer il faut utiliser la fonction is_numeric()
(tu vois malalam je fais pas 2 fois les mm erreurs

)
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Ilvaut mieux poser une question et passer pour bête que le rester toutesa v