c'est une bonne idée de mettre des includes dans un répertoire séparé, celà permet de les protéger via un fichier .htaccess contenant la ligne
deny from all
ensuite, j'image que le problème viens du chemin que tu as mis pour le include.
Si tu mets include 'include/jpgraph.php'; ça devrait marcher.
Une autre solution consiste à te servir de la fonction
set_include_path pour définir l'emplacement de tes includes.
Je suppose que l'erreur viens du fait que free veut le chemin complet du include, c'est-à-dire /var/...., mets tu peux très bien mettre include/jpgraph.php ou ./include/jpgraph.php