Réponse acceptée !
Salut,
Tu est en train de confondre le motif MVC et la POO...

je suis d'accord, théoriquement l'un ne va pas sans l'autre, théoriquement... tu peux très bien séparer
l
e modéle : accès aux différentes infos (BDD, XML, SOAP etc...),
le contrôleur : sorte de liaison entre les infos (modéle) qui orientera vers
la vue : ton XHTML, ton XML ou autres.
Bref, la POO c'est moins compliqué en fait (non je déconne ! :) ). Mais tu peux très bien avoir une page index.php qui inclut une class (class_mysql.php par exemple), tu l'instancie dans ta page, elle fait son taf et quand tu cliques tu vas aller sur une page news.php par exemple. Dans cette page news, tu va pouvoir instancier de nouveau ta classe mysql et une autre class_news.php par exemple. Bref le truc est là, ça ne change pas vraiment dans ton architecture mais si tu veux mélanger les deux tu peux créer ton propre système MVC ou alors te diriger vers des framework PHP prévu à cet effet (CakePHP, Symfony, PHPMvc, Zend etc...)
Si tu veux rester dans des choses plus simple et moins abstraite, tu peux très bien coder tes classes et les instanciées et utilisées quand tu veux dans différentes sortes de fichier php.
un gros, c'est pas obligé d'avoir un seul fichier php qui gère le tout ! sinon c'est du MVC et URLRewriting ... tu as des très bon article sur developpez.com, sinon une recherche dans les tutos de phpcs te donneras des explications également fort interessantes !!!

j'espère avoir répondu à ta question.
Nico