Réponse acceptée !
Le fichier index.html permettra d'empêcher le listing du répertoire. C'est exactement le même résultat que la directive Options -Indexes d'un fichier .htaccess
Cette directive ne fait rien d'autre que ne pas afficher le contenu du répertoire si aucun fichier d'index n'est trouvé.
Concernant tes 2 autres questions :
1/ Tout dépend. Si le FTP distant est un espace de publication web, il est préférable de stocker ta sauvegarde dans un répertoire qui n'est pas dans l'arborescence de publication... Tous les hébergeurs ne le permettent pas (les gratuits comme free par exemple).
Si le répertoire est dans l'arborescence de publication web, un simple fichier .htaccess contenant :
Deny from all
suffit à protéger l'accès via HTTP à ta sauvegarde.
2/ Comme je te le disais, le fichier PHP, s'il est appelé directement est d'abord interprété par PHP avant que le résultat du script ne soit renvoyé au navigateur. Si le script n'affiche rien, l'appeler directement affichera une page blanche.
Cependant, il y a une limitation à cela : si pour une raison ou une autre le serveur Apache ne fait plus interpréter les fichiers .php par PHP avant de les renvoyer au navigateur, ton fichier sera visible comme du texte (cela peut arriver suite à une mauvaise configuration : même si ça reste très exceptionnel, c'est quand même possible).
La solution : un fichier .htaccess qui interdit l'accès au fichier en question :
<Files "config.php">
deny from all
</Files>
L'accès en direct par HTTP au fichier config.php produira une belle erreur HTTP 403. Par contre, l'inclusion dans un script PHP fonctionnera très bien, puisque PHP inclut le fichier en utilisant le système local de fichiers et non pas HTTP.
Je te recommande la lecture de la doc d'Apache pour plus d'informations : http://httpd.apache.org/docs/2.2/mod/core.html#files
Crypter le contenu du fichier n'est pas nécessaire : tu risques de plus galérer à les décrypter pour utiliser le mot de passe et le login pour te connecter à ta bdd...
Neige
N'hésitez pas à lire la doc de PHP avant de poser des questions triviales...